准噶尔汗国以今伊犁河谷为中心，鼎盛时几乎与清朝达成东西并列的对峙格局，在满清遭遇的所有陆上对手中，准噶尔汗国的威胁比沙俄还大，而且与沙俄勾结在一起。
满清崛起前只是白山黑水间一个部落，准噶尔部也只是卫拉特蒙古四部之一，其能够发展到与清朝分庭抗礼的地步，着实出人意料。
明朝推翻蒙元帝国后，残元接连遭到朱元璋和朱棣的连续北伐，元气大伤之下一分为三，其中瓦剌（亦即卫拉特）就是最靠西的一支，也称为“漠西蒙古”。
明末建州女真崛起后，漠南蒙古和漠北蒙古接连被满清收入麾下，漠西四部却因“天高皇帝远”而得到长足发展，尤其准噶尔部更是厚积薄发。
1671年（清圣祖康熙十年），准噶尔部首领僧格在一场内乱中被杀，远在拉萨当喇嘛的弟弟噶尔丹闻讯赶回伊犁。尽管此前一直远离权力中枢，但初次掌握权柄的噶尔丹便展示非凡的手腕，三下五除二平息内乱，成为新的部族首领。
此时在清帝国的西面，除准噶尔部之外还有和硕特部、杜尔伯特部和土尔扈特部，四者构成松散的联盟，以和硕特部为尊。噶尔丹巩固部落内部的地位后，随即开始宏图霸业，袭杀和硕特部首领鄂齐尔图汗，并其部属；威服杜尔伯特部；赶走土尔扈特部。噶尔丹成为无可争议的大汗，号称“博硕克图汗”，雄长于西北，但噶尔丹想要的远不止这些。
1679年（清圣祖康熙十八年），噶尔丹遣使入贡，向清朝献锁子甲、枪、马、驼、貂皮等物。
1680年（清圣祖康熙十九年），噶尔丹出兵南疆，以12万铁骑攻占叶尔羌与喀什噶尔。随后几年，噶尔丹又挥师西向，在四年间，接连打败哈萨克、诺盖(居黑海沿岸)、柯尔克孜等族，势力北达鄂木河，西至巴尔喀什湖以南，东至鄂毕河的中亚地带，南边达到卫藏。
1688年（清圣祖康熙二十七年），噶尔丹在沙俄的怂恿支持下，兴兵攻占喀尔喀蒙古扎萨克图汗、土谢图汗、车臣汗三部。
1690年，噶尔丹借口追击土谢图汗部余众，进军内蒙古乌朱穆秦地区，打到了大兴安岭附近，与大清发生直接军事冲突。
按照历史一般的发展规律，一个处在军事上升阶段的强国，很难不对身边衰落的邻居产生觊觎，入关之前的满清不断攻击衰落的明朝，才得以发展壮大。而此刻清廷在准噶尔汗国身上看到了自己当年的影子，如果不把噶尔丹从风头上打落下来，日后必将是清朝的心腹大患。
1690年（清圣祖康熙二十九年），康熙第一次亲征噶尔丹，命裕亲王福全、恭亲王常宁分兵左右两路出古北口、喜峰口，并亲自进驻博洛河屯(今河北隆化)节制全军。
乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗)之战，清军分三路出兵10万。噶尔丹军将万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，环列为营，名为“驼城”。士兵依托箱垛，发射弓矢。清军以火器为前列，遥攻中坚，摧毁驼城，噶尔丹仅带数千人败逃归科布多。
1695年（清圣祖康熙三十四年），噶尔丹以骑兵三万，并扬言借俄罗斯鸟枪兵六万，由科布多东犯克鲁伦河以北巴颜乌兰。
1696年（清圣祖康熙三十五年），康熙第二次亲征噶尔丹，发兵10万，分东、西、中三路出击。
昭莫多（今蒙古乌兰巴托南之宗莫德）之战, 费扬古统帅之西路清军在与噶尔丹主力军队相遇。清军猛攻敌军阵后，另遣骑兵进攻侧翼，噶尔丹军阵大乱。清军追击三十余里，歼敌数干，噶尔丹率残部仓皇西逃，众叛亲离。
图-北征督运
1697年（清圣祖康熙三十六年），康熙第三次亲征，亲赴宁夏，命马思哈、费扬古两路进兵，进剿噶尔丹残部。噶尔丹余部纷纷出降。噶尔丹势穷力蹙，在科布多阿察阿穆塔台饮毒药而死，其重建蒙古帝国的梦想告灭。
噶尔丹死后，其侄策妄阿拉布坦继承汗位，准噶尔汗国很快就恢复了元气，且变得比以前更加难以对付。准噶尔号称铁骑三十万，不仅多次挫败沙皇俄国的军事蚕食，甚至派军远征至拉萨，进而将西藏纳入汗国的版图。
1716年（清圣祖康熙五十五年），策妄阿拉布坦派大策零敦多布率兵六千进犯西藏。次年攻占喇萨（拉萨），杀和硕特部首领拉藏汗。面对这样一个北至阿尔泰山，南抵青藏高原的庞然大物，清朝有了泰山压顶之感。
1720年（清圣祖康熙五十九年），清朝两路入藏，平逆将军延信率军自青海库库尔塞出发，定西将军噶尔弼自打箭炉(今四川康定)出发。为配合两路大军进藏，傅尔丹、富宁安分别由新疆阿尔泰和巴尔库尔(今巴里坤)两路进击，允为抚远大将军节制全军。清军进入喇萨，大策零敦多布率残部逃回伊犁。
1727年 (清世宗雍正五年)，策妄阿拉布坦病死，其子噶尔丹策零即位。
1731年（清世宗雍正九年），清廷靖边大将军傅尔丹前往科布多筑城，策零于博克托岭设伏。和通泊之战，噶尔丹策零大败清军，万余精锐仅剩2000人。
1732年（清世宗雍正十年），噶尔丹策零又派小策零敦多布率兵三万，进掠克鲁伦地区，与将军塔岱及喀尔喀亲王额驸策棱所率清军相遇。额尔德尼昭(光显寺，今蒙古国前杭爱省哈拉和林)之战，准噶尔军中伏被围，仅噶尔丹策零、小策零敦多布率残部突围。
1745年 (清高宗乾隆十年)，策零死，其长子喇嘛达尔扎与次子策妄多尔济那木扎尔争位，准噶尔陷入内乱。几年后大策零敦多布之孙达瓦齐，在辉特部台吉阿睦尔撒纳的支持下，继承汗位，但两人很快就反目成仇。
1754年（清高宗乾隆十九年），阿睦尔撒纳兵败，率部两万投清，封为亲王，附属于准噶尔的各部落纷纷投向清朝。
图-伊犁特克斯城
1755年（清高宗乾隆二十年），清军分南、北两路出兵。北路以定边将军班第为主将、阿睦尔撒纳为副将，由乌里雅苏台出阿尔泰山；南路以定西将军永常为主将、萨赖尔为副将，由巴里坤出发。两军会师博罗塔拉河，继续向伊犁挺进。达瓦齐退守格登山(今新疆昭苏县)，遭清军夜袭，达瓦齐越天山奔南疆，在乌什为回部霍吉斯擒获，押交清廷。
1757年（清高宗乾隆二十二年），定边将军成衮扎布、定边右副将军兆惠率兵分两路再次进军伊犁。继任者阿睦尔撒纳兵败逃入沙俄境内，不久死于痘疫。
清兵攻入伊犁河谷，为这场延续祖孙三代的漫长战争画上了句号，此刻站在准噶尔汗国的废墟上，大清多达1300万平方千米的版图由此得以奠定。